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Las personas que participaban en actividades de salud en uno u otro lado de la frontera se prestaban ayuda mutua informal por muchos años antes de que se formara la Asociación Fronteriza Mexicano - Estadounidense de Salud. Los eventos en los que ambos países participaban datan desde 1927 cuando Tampico, Tamaulipas fue afectado por inundaciones. Cuando la cooperación formal entre México y Estados Unidos se inició a fines de la década de los cuarenta (1940), las autoridades de salud estaban más preocupadas con la prevalencia de enfermedades venéreas. La penicilina y otros antibióticos usados hoy en día para tratar estas enfermedades no se habían desarrollado todavía, de tal manera que la sífilis y la gonorrea requerían de un tratamiento largo y complicado. La preocupación fue tal que el Congreso de los Estados Unidos de Norteamérica, por primera vez en la historia, asignó fondos substanciales al Servicio de Salud Pública de E.U.A. específicamente para combatir estas enfermedades.

Estados Unidos de Norteamérica había establecido grandes campos militares en la frontera durante la Segunda Guerra Mundial. El nivel de preocupación se elevó, por la magnitud de incapacidades en los recursos militares causada por las enfermedades venéreas. Los esfuerzos aislados hechos por las autoridades de salud para controlar la sífilis y la gonorrea en ambos lados de la frontera habían sido infructíferos, ya que el problema era una infección compartida. Para ser efectivos, la campaña de control de las enfermedades venéreas tenía que desarrollarse simultáneamente en ambos países.

En 1942, el Servicio de Salud Pública de E.U.A. solicitó a la Organización Panamericana de la Salud (OPS), conocida entonces como la Oficina Sanitaria Panamericana, que ayudara a coordinar esta campaña fronteriza.

El primer paso de la OPS fue establecer la Oficina de Campo en El Paso en febrero 1942, y luego proceder de inmediato a capacitar personal, emprender una campaña de educación, y proporcionar tratamiento para las enfermedades venéreas. La Asociación Fronteriza Mexicano - Estadounidense de Salud fue creada formalmente en 1943 en una reunión efectuada en El Paso / Cd. Juárez a la que asistieron autoridades de alto nivel federal, estatal, civiles y militares de ambos países.

Dos personas que estaban presentes, uno de México y el otro de los Estados Unidos de Norteamérica, presentaron formalmente la idea que ellos habían alimentado por muchos años. La formación de una organización de profesionales de la salud de ambos lados de la frontera. La institución creada era un mecanismo práctico a través del cual se podría establecer comunicación entre el personal de salud pública de ambos países. Se han desarrollado reuniones anuales sin interrupción desde 1943 y a partir de 1960, las sedes de las reuniones se han alternado entre los dos países. Estas reuniones han brindado la oportunidad a las autoridades de salud de conocerse y de trabajar conjuntamente en asuntos de salud comunes.